Con esta sencilla función que propone Andrea Giammarchi en Web Reflection, es posible averiguar si el prototipo de un objeto ha sido ampliado definiendo más funciones o propiedades.

Function.prototype.prototyped = function(){
    for(var i in new this)
        return true;
    return false;
};

alert(Array.prototyped()); // false (la clase Array no se ha tocado)

Object.prototype.each = function(){};
alert(Array.prototyped()); // true (la clase Array se ha ampliado con la función each)